균핵병에 걸리면 봄에 싹을 못내고 썩어버리거나, 싹을 내더라도 키가 작고 잎을 펴지 못한다. 꽃이 필 때인 5월에는 잎 가장자리로부터 누렇게 변해 시들어 죽는다. 땅속에 묻혀 있는 줄기의 밑부분이 썩기도 한다. 줄기는 물렁물렁하게 썩으며 줄기 표면에 하얀 곰팡이가 피고 나중에 검은 균핵이 생긴다. 뿌리는 동해를 입은 것과 같이 표면에 황갈색이나 적갈색의 병반이 생긴다.
뿌리 속은 백색으로 썩고 뿌리의 표면과 안에 불규칙한 모양의 균핵이 생긴다. 병원균은 균핵의 상태로 토양에서 오랫동안 살 수 있다. 건조한 토양에서는 8년, 습한 토양에서는 4년 정도 살 수 있다. 이 병원균에 가장 알맞은 생육온도는 15℃~20℃이다. 인삼 말고도 무, 배추, 양배추, 상치, 오이, 강낭콩 등에도 병을 일으킨다. 지역적으로 발생이 많은데, 주로 고랭지와 같은 서늘한 일부 지역에서 생긴다. 병이 발생한 뒤에는 방제방법이 없다. 병이 커지지 않도록 병든 포기를 제거하고 건강한 인삼과 차단되도록 한다. 따라서 예정지를 고를 때 균핵병의 발생 가능성이 있는 토양은 피해야 한다. 지역적으로 생기기 때문에 주변에 인삼 재배하는 곳의 병 발생 경향을 알아보고 미리 대처한다.
연작의 대표적인 병으로 뿌리썩음병이 있다. 이 병은 인삼 근부병균에 의해 발생한다. 연작지에서 1년근에서 생기고, 처음 짓는 땅이라도 발생할 수 있다. 5~6월에 뿌리에 검은색이나 갈색의 점모양으로 증상이 나타난다. 뿌리 위로는 뿌리의 병 발생 정도에 따라 때 이르게 단풍이 오기도 한다. 줄기나 잎을 눈으로 보면 정상적인 것과 구별이 안되는 수도 많다.
뿌리썩음병균은 곰팡이의 일종으로 작약, 딸기, 수목류에도 주로 발생한다. 이 병원균에 알맞은 온도는 15℃~20℃ 사이이다. 낮은 온도에서도 살 수 있다. 토양 안에서는 후막포자 형태로 있는데, 발아조건이 분명하지 않아 밀도 진단이 어렵고 물속에서는 6년 이상 살 수 있다. 균의 이동은 주로 물에 의해 이루어진다. 특히 병에 걸린 묘삼에 의해 쉽게 번진다. 부숙이 덜 된 퇴비를 많이 쓴 토양과 선충, 해충 등이 많은 토양에서는 인삼에 상처가 잘 나서 쉽게 병이 나고 토양내에서 빠르게 번진다. 두둑이 낮거나 배수가 잘 안 되는 토양에서도 심하다. 이 병은 인삼을 수확하고 나서 다른 작물을 키우려고 땅을 갈 때 땅속에 묻혀있는 병든 뿌리속의 많은 병원균이 전체 토양으로 퍼진다. 또한 병원균이 오염되어 있는 밭을 갈고 나서 트랙터 로터리 날에 묻은 흙으로 토양에 전염된다. 연작지 묘밭에서는 오염된 묘삼을 통해 전염된다. 병든 인삼뿌리와 뿌리의 접촉으로도 전염된다. 4년생 이상에서 더 급속히 퍼진다. 연작장해이므로 예정지 관리할 때 병원균 밀도를 줄이거나 피하는 것이 좋은 방법이다. 인삼을 재배하지 않은 땅에 재배하는 것이 우선이고, 인삼을 수확한지 오래된 휴경지라도 병과 거리가 먼 인삼이외의 다른 작물을 재배한 곳이 좋다. 50cm이상 새 흙을 받거나 30cm이상 흙을 걷어내거나, 땅을 뒤집는 것도 연작지 관리의 한 방법이다. 예정지 관리 중 청초를 사용하고, 녹비작물 등을 재배하면 병 방제에 더욱 효과적이다. 퇴비나 남아있는 뿌리의 발효가 잘 되도록 균배양체 등을 사용한다. 병원균보다 유익한 미생물이 더욱 잘 살고 번성하도록 토양을 가꾸는 일이 중요하다. 밀도 감소방법으로 토양훈증을 하거나, 4~5년 담수 처리를 하는 곳도 있다.

뿌리썩음병은 곰팡이 일종으로 균은 주로 물을 따라 이동한다. 뿌리썩은병에 걸린 인삼모습